藏傳佛教瑪倉噶舉的第一座寺院札西修噶寺於西元1167年,因諸殊勝因緣俱足,由祖師曲傑瑪巴尊者於芒康檔帝所興建,簡稱修噶寺,開啟瑪倉噶舉傳承。

帕木噶舉的教法為當時藏傳佛教的翹楚,依此教法而大成就者不勝枚舉,其中以帕木竹巴尊者之八大心子為翹楚中之最。曲傑瑪巴尊者(1135-1203) 是帕木竹巴尊者最鍾愛的心子之一,得完整的帕木噶舉教法、惹瓊殊勝諸法及薩迦道果。曲傑瑪巴尊者以帕木噶舉的教法與惹瓊殊勝諸法為根本,輔以自己實修的親身經驗,因才施教,教法清楚簡單有條理,讓修行者更易覺悟,故跟隨的弟子越來越多,當時的藏東幾乎全是曲傑瑪巴尊者的弟子。

修噶寺草創初期約有八百位出家眾。佛學院規定出家僧眾需先精熟佛學概論,並參加測試,考試合格者才由曲傑瑪巴尊者親自口傳、耳傳密法,前往寺後方的山上關房閉關修行。依止本派教法閉關修行後,獲得虹光大成就者無數,瑪倉噶舉的聲名漸漸遠播,懇求聽法者愈來愈多,紛紛成立分院在各地以幫助方便修行者。

當曲傑瑪巴尊者閉關時,寺務則交由心子卓貢仁千(1170-1249)尊者管理,卓貢仁千為曲傑瑪巴大師最鍾愛信任的二心子之一,盡得全部瑪倉噶舉的教法精髓與惹瓊殊勝諸法,是卓越的實修行者。當曲傑瑪巴尊者圓寂後,卓貢仁千便將修噶寺的住持地位轉交給同門的揚桂怡希蔣切尊者(1185-1245)。揚桂怡希蔣切擔任住持時,寺中的出家眾增至二千多位,寺院規模亦逐漸擴大,而成為當時大寺院的代表。

桃花落盡,風雪欲來,蒙古騎兵揮師舉兵南侵芒康區,芒康區大部分噶舉傳承、寧瑪傳承與薩迦傳承的寺院幾被毀滅,而修噶寺因住持揚桂怡希蔣切尊者的機智與軟硬兼施,讓修噶寺避開此次的災禍與迫害。

為讓珍貴的傳承法脈綿延不斷,嘉惠後世修行者,卓貢仁千與揚桂怡希蔣切二位尊者同心協力將上師曲傑瑪巴尊者所留傳下的佛經與儀軌,用金子做模板、刻印希望能常久保存而不糢糊遺漏。另外,以金子為材質,興建舍利塔,供奉上師的舍利子,每日誠敬頂禮,一如往常猶如上師在世時。

揚桂怡希蔣切尊者是另一位瑪倉噶舉傳承的大成就者,不僅睿智與慈悲,生前即證悟大手印圓滿次第,身後留下珍貴的七彩舍利子。其大心子介那瓦蔣丘札巴尊者繼任修噶寺的第三任堪布。介那瓦蔣丘札巴尊者持續為保存傳承上師們的教法努力不懈,並且興辦佛學院,鑄造一千尊佛陀的金像供奉於寺內,莊嚴威赫無比的佛像,令人一見佛像即生起無比的喜悅心與信心,而種下學佛的善因緣。介那瓦蔣丘札巴尊者預知自己即將圓寂,便將住持地位交付給大心子悟茲瓦所南怡希尊者,繼任為修噶寺的第四任住持。

悟茲瓦所南怡希尊者是位卓越的實修者,且善長管理寺務。在古西藏時代特別有個文化習俗,每座寺院於佛陀降服外教的這一天,都會舉行大法會迴向給所有有情眾。不過於深山中修行的人,幾乎是不下山參加法會。令人驚訝的是修噶寺每年在這一天所舉辦的大法會,實修行者都會下山來參加,每次都達一萬位以上。薩迦法王達瑪帕拉、大成就者拉茲達等眾多尊者皆寫信偈詩表揚尊者的慈悲與功德,當時的人皆說悟茲瓦所南怡希尊者猶如帕木竹巴尊者的再來世。

悟茲瓦所南怡希的大心子仁千蔣切繼任第五任扎西修噶寺的堪布,為瑪倉噶舉教法盡心盡力。此時在修噶寺寺院後上方閉關者多時五百位,少時三百位,而依此教法閉關後無數的虹光成就者與大手印成就者,修噶寺的聲譽因此遠播東土。仁千蔣切尊者感恩上師的教導恩澤,用金子鑄造上師悟茲瓦所南怡希像與大日如來佛像供奉,持續供養出家僧眾、幫助貧窮和生病的藏民、支援醫療設備,常常巡視瑪倉噶舉各分院與巡回教授佛法。當時的西藏國王是薩迦法王,法王非常喜悅、讚揚仁千蔣切尊者的所作所為,責由宰相薩迦蔣切,代表法王致贈許多禮品與表揚信給仁千蔣切尊者。

仁千蔣切的大心子緯瑟喇嘛,盡得所傳,但喜愛到處雲遊,傳播瑪倉噶舉派的教法,不喜拘泥於寺院,故未擔當修噶寺的堪布,而由心子南卡森給擔任修噶寺的第六任堪布。緯瑟喇嘛的再來轉世者是泰錫度仁波切。