卓貢仁千尊者受邀請至芒康縣中陀村開示佛法,尊者蒞臨此地時,見當地地靈人傑,山脈恰似ㄧ座座天然的屏幛,了知若在此地興建瑪倉噶舉的寺院,必能利益更多眾生。返回修噶寺稟明上師曲傑瑪巴尊者,取得上師同意後,西元1200年,卓貢仁千尊者(1170-1249)興建瑪倉噶舉另一座重要的傳承寺院中陀內薩寺,簡稱中陀寺,與修噶寺並稱為瑪倉噶舉兩大代表寺院,貫穿瑪倉噶舉傳承法脈,當時人們譬喻兩大寺院如同太陽與月亮的關係,相互輝映,護佑著眾生。

中陀寺大殿內的佛陀像高約二層樓,慈悲莊嚴無比,見到猶如親見佛在世,令人心中感動非常。依佛經典所載而鑄造供奉的金剛手菩薩、度母、蓮師、觀世音菩薩、文殊師利菩薩等諸佛像,法相皆清淨莊嚴圓滿,令人心生喜樂。為了感恩瑪倉噶舉傳承上師們的教導恩澤,並希望將教法完整常久保存,卓貢仁千尊者不惜用金子與銀作模版,刻印佛經典各一百八十部。

中陀寺在初期,出家僧眾有一千三百位,於寺後方山上閉關的實修行者有七十位。山不在高,有仙則名,冬盡春來,時間累積了聲譽,求法者日漸增多,各地紛紛請求開辦分院教授,卓貢仁千尊者為法弘利生,不辭辛苦,巡迴開示,弘揚瑪倉噶舉教法,聽聞到尊者的開示而頓悟的人不少,也有人僅見到尊者就生起法喜,當時人們形容瑪倉噶舉教法好比雨後陽光,溫暖普照西藏每一角落。中陀寺此時共有二十三所分院。

中國元朝國王迎請薩迦班智達,到中國境內宏揚佛法,薩迦班智達要去中國之前特別寫信給卓貢仁千尊者並隨信附上用金子刻印的佛經,信中提起自己將前往中國傳法,希望途中先繞行至修噶寺拜訪他。西元1244年,卓貢仁千尊者帶領修噶寺與中陀寺總共四千多位出家僧眾,攜帶寶傘蓋、八吉祥、鼓樂等吉祥物,於修噶寺大門恭迎薩迦班智達、八思巴與卓貢察那尊者的來訪。智者相見歡,相惜相知,薩迦班智達非常激賞與喜悅卓貢仁千為延續佛法所做諸行為,卓貢仁千尊者非常喜悅有此機會薩迦班智達相見討論佛法。薩迦班智達希望幫助修噶寺與中陀寺,希望卓貢仁千尊者派一位弟子隨他們到元朝見其國王,幫助瑪倉噶舉教法能遠播至元朝,然卓貢仁千尊者婉謝好意並未派一位弟子隨行。

經過幾年,薩迦八思巴寫信給卓貢仁千尊者詢問近況,隨信附上元朝國王所贈送的絲綢布緞、巨大象牙、珍貴銀製品等禮物,元朝國王請求卓貢仁千尊者幫元朝加持迴向。法王噶瑪巴從元朝回來時,亦寫信給卓貢仁千尊者,讚揚為佛法延續所作與甚深的修行。

卓貢仁千尊者在世時,修噶寺與中陀寺共有分院一百八十所證悟大成就者無數。人人景仰與依靠著尊者,故人人在尊者名字前加上“卓貢”兩字,意味尊者是保護眾生,領導眾生的怙主。尊者圓寂時,不管是不是尊者的弟子,每一位都很悲傷,感覺世界上沒有了陽光!薩迦班智達特別寫一封信給康區所有的人,希望大家能節哀順變。

卓貢仁千尊者大心子敦巴趣廷旋惹尊者繼任中陀寺的第二任住持,敦巴趣廷旋惹尊者感恩上師敦敦教導與讓後學者能瞻望一代大師的風采,特用金子為材料,鑄造栩栩如生的上師雕像,安放於中陀寺內,興建的舍利塔供奉上師的舍利子,總共興建一百八十座舍利塔,分送給一百八十所分院供養,將上師所寫的儀軌,用金子作模刻印,常久保存在大殿內。

西藏國王八思巴三十一歲(西元1265年) 寫信給墫巴趣廷旋惹尊者,提起他於秋天由中國返回西藏,途中希望先到中陀寺住一陣子。墫巴趣廷旋惹尊者率領修噶寺與中陀寺所有出家僧眾,帶寶傘蓋、八吉祥、鼓樂等吉祥物,在寺院大門迎接西藏國王八思巴的來訪與居住。八思巴尊者在中陀寺住時寫下許多珍貴的薩迦本尊修行密法儀軌,由墫巴趣廷旋惹尊者用正楷字體記錄流傳於後世至今。

滾丘蔣切尊者擔任中陀寺住持時,新興建八所瑪倉噶舉傳承分院,出家眾又增加二千多人,結夏安居時出家眾多達一萬多人。滾丘多傑尊者擔任中陀寺住持時,再新興建三所瑪倉噶舉傳承分院,以便日益增多的出家眾安心學法。瑪倉噶舉傳承在藏東康區倡盛四百多年,直至西元1639年因蒙古入侵而式微,蒙古軍隊駐紮於修噶寺與中陀寺長達二十年,迫害寺中。